・OS (MacOS/Windows)やハードウェアに依存した処理
OS固有の機能などを利用することはできません。（これも外部プログラムやAppleScriptなどと組み合わせれば不可能ではありません）
・通信 (Socket通信。PhotoshopやAfterEffectsにはありますが、なぜかIllustratorにはありません。Bridge経由で利用することは可能です)
Illustrator CS6のJavaScriptでできることは以下のようなものがあります。
・自動レイアウト処理
・データベースとの連携
・手作業では時間のかかる複雑な処理
・PDFなど各種画像ファイルの生成
・ファイル処理
・簡単な画像処理（ピクセルを操作するもの）
・任意の外部アプリケーションの起動
・Bridgeとの連携
・XMLデータ処理