InDesign CS6のJavaScriptでは以下のようなことはできません。
・OS (MacOS/Windows)やハードウェアに依存した処理
OS固有の機能などを利用することはできません。スキャナから自動的に読み込んで処理させることはできません。（これも外部プログラムを利用すれば不可能ではありません）
・InDesign側で用意した機能（オブジェクト）以外のもの
これはInDesignで、その機能があるからといってJavaScriptで、その機能を利用できない場合があります。ただし、外部プログラムを呼び出すなどの方法で対処できる場合があります。また、Bridge CS6を利用する、Bridge CS6経由で他のアプリケーションの機能を利用することで、処理速度は低下しますが解決可能な場合があります。
InDesign CS6のJavaScriptでできることは以下のようなものがあります。
・自動レイアウト処理
・データベースとの連携
・手作業では時間のかかる複雑な処理
・PDF生成
・ファイル処理
・任意の外部アプリケーションの起動
・Bridge CS6を経由した他CS5アプリとの連携処理
・XMLデータ処理
・ソケット通信処理
・プログレスバー処理
・複数のスクリプトでオブジェクトや変数を保持したままのスクリプト処理
・Adobeアプリケーション間で複数のスクリプトでオブジェクトや変数を保持したままのスクリプト処理