Illustrator CS/CS2で作成したファイルがCMYKモードかRGBモードかを調べてリストアップできます。
			以下が実際のスクリプトになります。指定したフォルダ内にある拡張子が.aiのファイルを開いて調べます。テキストファイル名を入力すると、そのファイルにRGBモードのファイルのパスが保存されます。
			Illustrator CS2から実行するのではなくてExtend Script Toolkitから実行してください。
#target "Illustrator CS2"
			folderObj = Folder.selectDialog("フォルダを選択してください");
			if (folderObj)
			{
			 saveFile = File.saveDialog("保存するファイル名を指定してください");
			 if (saveFile)
			 {
			  saveRef = new File(saveFile);
			  saveRef.open("w");
			  fileList = folderObj.getFiles("*.ai");
			  for (i=0; i<fileList.length; i++)
			  {
			   fileRef = new File(fileList[i]);
			   docObj = open(fileRef);
			   if(activeDocument.documentColorSpace == DocumentColorSpace.RGB)
			   {
			    saveRef.writeln(fileList[i].fsName);
			   }
			   activeDocument.close();
			  }
			  saveRef.close();
			 }
			}
RGBモードでなくCMYKモードのファイルをリストアップしたい場合には
if(activeDocument.documentColorSpace == DocumentColorSpace.RGB)
を
if(activeDocument.documentColorSpace == DocumentColorSpace.CMYK)
に変更します。あと、最初の行に
#target "Illustrator CS2"
と記述していますが、targetを指定することでスクリプトを実行するアプリケーションを指定することができます。今回はIllustrator CS2で実行するので上記のように記述します。
			.aiの拡張子でなく.epsの拡張子のファイルを処理したい場合には
fileList = folderObj.getFiles("*.ai");
を
fileList = folderObj.getFiles("*.eps");
に変更します。
			RGBモードのファイルだけを別フォルダに保存することもできます。この場合は以下のようになります。
#target "Illustrator CS2"
			folderObj = Folder.selectDialog("フォルダを選択してください");
			if (folderObj)
			{
			 saveFolder = Folder.selectDialog("保存先のフォルダを選択してください");
			 if (saveFolder)
			 {
			  fileList = folderObj.getFiles("*.ai");
			  for (i=0; i<fileList.length; i++)
			  {
			   fileRef = new File(fileList[i]);
			   docObj = open(fileRef);
			   if(activeDocument.documentColorSpace == DocumentColorSpace.RGB)
			   {
			    saveRef = new File(saveFolder+"/"+fileList[i].name);
			    activeDocument.saveAs(saveRef);
			   }
			   activeDocument.close();
			  }
			 }
			}